Гордон Фримен

Каскадный резонанс

Во время испытания аномального кристалла Гордон помещает образец в антимасс-спектрометр. Эксперимент вызывает каскадный резонанс: комплекс разрушается, а пространственные разрывы пропускают существ из Зена. Фримен выбирается из испытательной камеры, помогает выжившим и пытается добраться до поверхности.

Надежда на спасение военными исчезает, когда прибывшие подразделения начинают уничтожать персонал вместе с пришельцами. Гордон проходит через лаборатории, промышленные помещения и захваченные участки комплекса. После плена и попытки избавиться от него в системе переработки отходов он вновь продолжает путь. В комплексе «Лямбда» учёные отправляют его в Зен, чтобы устранить удерживающего вторжение Нихиланта.

Победив Нихиланта, Фримен оказывается перед G-Man. Загадочный наблюдатель предлагает работу своим нанимателям, фактически оставляя выбор между подчинением и гибелью. Продолжение истории исходит из того, что Гордон принимает предложение. После этого он помещён в стазис.

Возвращение в Сити-17

G-Man выводит Фримена из стазиса спустя годы после катастрофы. Гордон прибывает на поезде в Сити-17 и обнаруживает Землю под властью Альянса. Барни, работающий под прикрытием в Гражданской обороне, помогает ему избежать задержания; Аликс Вэнс приводит его к Кляйнеру.

Неудача телепортации вынуждает Гордона добираться до базы Илая Вэнса через каналы. В «Восточной Чёрной Мезе» он получает гравитационную пушку. Нападение Альянса разлучает союзников, и Фримен проходит через Рейвенхолм и побережье к «Нова Проспект». Вместе с Аликс он пытается освободить Илая и узнаёт о сотрудничестве Джудит Моссман с Брином.

Возвращение героев в город совпадает с развернувшимся восстанием. Гордон помогает повстанцам, проходит к Цитадели и оказывается пленником Уоллеса Брина. После вмешательства Моссман он освобождается и разрушает телепортационную установку. G-Man останавливает время перед взрывом и вновь пытается забрать Фримена.

Побег из Сити-17

Вортигонты спасают Аликс и выводят Гордона из-под непосредственного контроля G-Man. Фримен возвращается к Аликс у повреждённой Цитадели. Герои ненадолго проникают внутрь, чтобы отсрочить взрыв и выиграть время для эвакуации. Затем они пробиваются через город, помогают Барни вывести жителей и покидают Сити-17 на поезде. Взрыв Цитадели настигает состав уже за пределами города.

Дорога в «Белую рощу»

После крушения поезда Гордон и Аликс направляются к базе «Белая роща» с данными Альянса. Охотник тяжело ранит Аликс. Фримен вместе с вортигонтом добывает экстракт муравьиных львов для её лечения. Пока вортигонты заняты спасением девушки, G-Man снова связывается с Гордоном и требует доставить её к Илаю.

Добравшись до базы, Фримен участвует в её обороне от страйдеров и охотников, применяя устройства Магнуссона. Запуск ракеты закрывает сверхпортал Альянса. Илай рассказывает о своей связи с G-Man и опасности «Борея», но не успевает завершить разговор. В первоначальном финале Советники нападают на ангар и убивают Илая; Пёс спасает Гордона и Аликс от дальнейшей расправы.

Изменение событий в Half-Life: Alyx

Основная история Alyx происходит до возвращения Фримена. Аликс предполагает, что в Хранилище Альянса заключён Гордон, однако освобождает G-Man. Тот показывает ей будущее и позволяет предотвратить смерть Илая, после чего забирает её на службу.

В сцене после титров игрок вновь видит мир глазами Фримена в изменившемся ангаре «Белой рощи». Илай жив, Аликс исчезла, а Пёс возвращает Гордону монтировку. Илай требует приступить к поискам дочери. Дальнейший результат этих поисков в данной истории не показан.